Руководит отделением травматологии и ортопедии заведующий отделением Губайдулин Марат Альфридович. В отделении работают 11 врачей, 17 медицинских сестер и 12 младших медицинских работников. Травматологическое отделение развернуто на 68 коек: 48 коек травматологического профиля, 15 коек нейрохирургического профиля и 5 коек дневного стационара.
Отделением гнойной хирургии руководит Игорь Сергеевич Амелин, врач-хирург высшей категории. Отделение развернуто на 55 коек, из них 15 коек для пациентов с лор-патологией, 5 коек для пациентов с проктологической патологией. Отделение оказывает специализированную медицинскую помощь по профилю «хирургия», «проктология» и «отоларингология».
В отделении оказываются плановая и экстренная специализированная помощь по профилю «урология». Ежегодно отделение оказывает медицинскую помощь 600 пациентам. Руководит урологическим отделением заведующий отделением врач-уролог Мельзин Юрий Валерьевич.
Отделение оказывает специализированную медицинскую помощь по профилю «терапия» при заболеваниях различного терапевтического профиля, в том числе при сочетанной патологии. Руководит терапевтическим отделением врач-терапевт высшей категории, «Отличник здравоохранения РФ» Строганова Инна Владимировна.
Руководит отделением Ковальчук Наталья Евгеньевна, врач-невролог высшей квалификационной категории.
Заведующий отделением врач-офтальмолог Ложникова Ирина Евгеньевна.
Отделение расположено на 4 этаже хирургического корпуса областной больницы № 3. Оно оказывает специализированную медицинскую помощь по профилю «неврология». Руководит отделением врач-невролог Михайлов Олег Александрович.
Отделение развёрнуто на 33 койки (30 коек круглосуточного стационара и 3 койки интервенционной диагностики и лечения). В структуре отделения имеются палаты круглосуточного пребывания пациентов, палата реанимации и интенсивной терапии на 6 коек, процедурный кабинет, кабинет для дистанционного мониторирования электрокардиограмм. Заведующая отделением Рябинина Ирина Владимировна.
Отделение находится в четырёхэтажном корпусе по ул. Красноармейская,6. Инфекционное отделение оказывает специализированную медицинскую помощь по профилю «Инфекционные болезни» населению г. Тобольска, Тобольского, Уватского, Вагайского районов. Руководит инфекционным отделением Терентьева Людмила Валентиновна, врач-инфекционист высшей квалификационной категории, «Отличник здравоохранения РФ».